Υπάρχουν δύο μέθοδοι αποστείρωσης για ιατρικά εργαλεία που χρησιμοποιούνται στη χειρουργική, συγκεκριμένα η αποστείρωση σε υψηλή θερμοκρασία και η αποστείρωση σε χαμηλή θερμοκρασία.
1. Η μέθοδος αποστείρωσης σε υψηλή θερμοκρασία είναι η χρήση υψηλής θερμότητας για τη μετουσίωση των μικροβιακών πρωτεϊνών για την επίτευξη του σκοπού της θανάτωσης βακτηρίων. Είναι το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο κλινικά και συνήθως χρησιμοποιείται αποστείρωση με ατμό υπό πίεση, η οποία είναι κατάλληλη για εργαλεία και αντικείμενα που αντέχουν την υψηλή υγρασία και τη θερμότητα. Υπάρχει επίσης αποστείρωση με ατμό flash, η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για γυμνά όργανα και αντικείμενα.
Δεύτερον, αποστείρωση σε χαμηλή θερμοκρασία, συχνά με χρήση αποστείρωσης οξειδίου του αιθυλενίου. Η πιο κλινική εφαρμογή, το πλεονέκτημα είναι ότι δεν καταστρέφει τα αποστειρωμένα αντικείμενα, έχει ισχυρή διεισδυτική δύναμη και έχει καλή επίδραση στη θανάτωση μικροοργανισμών. Η αποστείρωση με ατμό φορμαλδεΰδης σε χαμηλή θερμοκρασία μπορεί να χρησιμοποιηθεί για ιατρικές συσκευές που δεν αντέχουν σε υψηλές θερμοκρασίες.
